日本でもっとも深い湾として有名な駿河湾は、豊かな漁場としても知られています。我々は、駿河湾が有する多様な生態系を、ゲノム情報をもとに明らかにすることを目指し、メタゲノム、シングルセルゲノム、環境DNA などを対象とした大規模解析を実施してきました。駿河湾の複数の地点、水深、季節から海水を採取して配列ビッグデータを取得することにより、魚類から細菌、ウイルスに至るまでの多様な生物の多様性を明らかにしました。また、種々の細菌・ウイルス系統の時空間的な局在や変動を明らかにし、海洋環境の変化に伴う生態系の動的な変化を、大規模ゲノム解析によって検出できることを明らかにしています。