日本の国土は、亜寒帯から亜熱帯にまたがる数千の島々からなり、変化に富んだ地形と多様な気候風土が豊かな生態系を築いています。環境省では、日本の複雑で多様な生態系の劣化をいち早くとらえ、適切に生物多様性の保全へつなげることを目的として、2003年に「モニタリングサイト1000」事業を始めました。モニタリングサイト1000 とは、日本全国に1000 か所以上の調査サイトを設置し、基礎的な環境情報の収集を100年以上の長期にわたって継続するという事業です。モニタリングサイト1000には、①長い目で見る②全国各地で調べる③いつでもどこでも同じ方法で調べる④みんなで協力して調べる⑤5 年に１度詳しく分析する、という5 つの特徴があります。海洋生態系への取り組みとして、沿岸域、サンゴ礁及び小島嶼に設置された調査地点における、シギ・チドリ類、底生生物、海藻、造礁サンゴ、海鳥などの指標生物、周辺植生及び物理環境などのモニタリング調査が実施されています。シギ・チドリ類調査で取得したデータは、アジア水鳥センサス（AWC）に提供されています。また、国際サンゴ礁イニシアティブ（ICRI）及びその下に設立されている地球規模サンゴ礁モニタリングネットワーク（GCRMN）に対しても積極的な貢献を行っており、東アジア地域における解析作業を牽引しています。