- 海洋ごみ・海洋プラスチックごみ対策の推進
- 包括的海洋ごみ対策プロジェクト「CHANGE FOR THE BLUE」
- 日本－パラオ親善ヨットレースにおけるセクター横断的海洋プラスチック調査
- マイクロプラスチックの大規模外洋調査
- 閉鎖性海域の環境保全と適性を目指して
- 沿岸生態系の保全に向けた国際貢献
- 海洋環境細菌を対象としたマリンバイオテクノロジー
- 極域研究の推進
- SATOYAMAイニシアティブ国際パートナーシップ（IPSI）
- 海から見た21世紀の国土ビジョン研究
- 船体付着生物の適切な管理のための調査研究
- 持続可能な漁業のための水産エコラベル認証制度
- 日本発の水産エコラベル MEL（マリン・エコラベル・ジャパン）
- SH“U”Nプロジェクト
- ブルーシーフードガイド
- IUU漁業撲滅に向けた取組みの推進
- 農林水産省ODAに基づくインドネシア沿岸漁村プロジェクト
- 海洋資源利用促進技術開発プログラム
- マグロ養殖事業におけるIoT・AI実証実験
- 「鯖、復活」養殖効率化プロジェクト
- アルゴ計画
- 地球環境変動の把握と予測の組み合わせによる課題解決への統合的アプローチ
- 南・東アジアの縁辺海における持続可能なイニシアチブに向けた研究開発（SIMSEA）
- 九州沿岸の海況予測と漁業支援
- 衛星データを同化した海中天気予報システム
- 日本沿岸の海況予測「黒潮親潮ウォッチ」
- 気象･海象を考慮した作業船運航管理支援システム
- 北西太平洋津波情報センター
- 陸海統合地震津波火山観測網（MOWLAS）
- 大規模海溝型地震の発生メカニズム解明のための海底地殻変動観測
- 海域で発生する地震及び火山活動に関する研究開発を通じた安全な海の実現
- 東日本大震災巨大津波の学術調査
- きめ細かな海流・海水温の情報提供で沿岸防災に貢献
- 衛星画像を活用した赤潮の発生予測
- 日本海洋データセンターの運用
- 137度定線観測
- 海洋環境の衛星観測と観測データの公開
- 海洋状況表示システム（海しる）の効果的な運用・機能強化
- 分野横断シナジー創出型ウィンドファームの技術開発・推進
- 「海の次世代モビリティ」による沿岸・離島地域の海域の利活用・保全
- 国際海洋環境情報センター（GODAC）における研究データの集積・発信
- 日本沿岸の海洋研究施設－臨海実験所、水産実験所などー
- 北太平洋6か国における海の福利の比較研究
- マリンオープンイノベーションプロジェクト（MaOIプロジェクト）
- 海洋科学分野の人材育成
- ユネスコスクール
- 海洋教育パイオニアスクール事業
- 海洋教育研究拠点形成事業及び全国海洋教育サミットの開催
