MEL は、国連食糧農業機関（FAO）が 2005 年に採択した水産物の持続的利用のための生産段階(漁業)並びに水産物の加工・流通段階の一連のガイドラインに沿い、2007 年に（一社）大日本水産会によって設立されました。その後、養殖を加え日本の水産業の特徴に配慮すると共に国際標準化を使命としたスキーム
オーナーとして2016 年に（一社）マリン・エコラベル・ジャパン協議会（英語名称: Marine Eco-Label Japan Council）がこれを引き継ぎ、認証規格を改訂し、2019 年 12 月に GSSI（Global Sustainable Seafood Initiative）より承認を得ました。JFRCAは認証機関として MEL のスキームに則って希望者から審査を受け付け、専門審査員による審査を実施して認証します。JFRCAは日本適合性認定協会（JAB）よりMELの認証機関として認定されており、JABは国際認定機関フォーラム（IAF）に加盟して、ISO基準によって製品認証機関や検査機関などの認定を行っている機関であることから、MEL は国際的に認められた水産エコラベルと言えます。
　また2 つ目の認証機関としてJAB に申請していた（公財）海洋生物環境研究所は2023 年12 月に認定を受けました。これを受けてMELの認証活動は、JFRCAと併せて２つの機関で運用することになりました。