東京湾のような背後に大都市を抱えた閉鎖性の高い海域では、生活排水などが大量に流れ込むことに加え、外海との海水の循環が起こりにくいため、慢性的な赤潮の発生や、有機汚濁による貧酸素水塊が生じ、水産動植物へ大きな影響を与えるなどの多くの問題が発生しています。
　「全国海の再生プロジェクト」では、これらの問題の改善のため、海上保安庁、国土交通省及び環境省を中心とする関係省庁や自治体が連携して、海の再生に資する各種施策を推進しています。平成14 年に始まった東京湾再生プロジェクトを皮切りに、現在全国4カ所（東京湾、大阪湾、伊勢湾、広島湾）で海の再生プロジェクトが推進されています。